有机肥的种类很多，如人粪尿、圈肥（猪粪、牛粪、马粪、羊粪、鸡粪）、堆肥、城市垃圾等。这些肥料采用哪种都可以，但是不论哪种都一定要事先进行充分腐熟发酵，不能用鲜生肥料，以免发生肥害。而且不同园地土壤养分含量也不同，必须事先化验土壤氮、磷、钾含量。此外，还必须了解树龄、树势、计划产量，这些都是科学施肥的重要因素，忽视了哪一方面都是不科学的。
有机肥发酵方法：
（1）发酵堆肥方法：米糠、秸秆粉、干畜禽粪(粉碎)等有机原料总量500～1000公斤添加生物菌肥发酵液3～4公斤加适量井水（视原料干湿程度增减水量，水量占堆肥总量30%～35%），生物菌肥发酵液加入水中混匀，然后与原料混合拌匀，堆垛发酵，两周后，有酒曲香味或白色菌丝出现即发酵成功；每亩施用100～200公斤，或视土壤肥瘠状况施用。
（2）堆肥发酵一星期左右，进行翻动1次，然后接着发酵即可，一般15～20天完成发酵完成。
发酵成功的标志：没有臭味，堆肥表层长出白色菌丝。如果有未发酵之前很浓的腐臭味，表明堆肥制作失败。
生物菌肥保存期：1～3个月。