种子的清选设备上会装配一些参数及形状各不相同的分离筛，其个数一般不少于2个。进行分离工作时，当大量混杂物进入筛网中，体积较大的混杂物通过最上层的筛网最先分离出来，随后体积较小的混杂物会通过下层筛网分离出来；其具体分配需根据实际情况而定。为了确保筛网在运动时保持平衡并减少机器自身振动，在设计时将大部分的筛网分别装在分离架的各卡槽当中。
振动分离筛由上、中、下三个部件组成，可使谷物在筛面长时间停留，提高冲孔网对谷物的分离效果。振动分离架上设有三条卡槽，振动分离筛通过卡槽固定于振动分离架上并具有一定的倾斜角度。振动分离架通过4根连接杆固定，连接杆的一头连接机架，另一头连接振动分离架。振动分离架的前端连接整机的传动部分，通过三叉臂驱动做往复运动，实现振动。每层分离筛由两块筛板组成，两块筛网的筛孔形状不同，上层筛孔为直行排列方式的矩形长孔，下层筛孔为倾斜角度排列的直槽孔。每层分离筛的上层筛网通过长孔直径不同完成种子杂物的清选分离，下层筛网起到了固定橡胶球的作用，同时可通过上层筛板过滤的谷物种子和杂质。在每一层分离筛的两块筛板之间装有数个橡胶球，作业时，分离筛振动，使得橡胶球完成上下振动和左右移动碰撞，从而起到了防止筛板堵塞的问题，起到清筛作用。
分离筛的工作原理，将谷物进行振动分离后，分离出的大、小杂质由在上层分离筛的前部和下层分离筛的底部设置的横向流出槽排出，净粒种子从中筛、下筛前部的流出口流出。作业时，经过风选后的种子中仍含有不符合规定的杂物，例如破碎的茎叶、粉尘、泥沙、以及直径大小不一的种子，通过振动分离筛进行形状大小分离，并将一些大小不符合规定要求的种子清除。当分离好的杂质、净粒分别从指定的流出通道排出后，即可装袋运输和贮存。
上冲孔筛网类型的确定
目前联合收获机、脱粒机或种子清选机上常用的筛子有四种形式：编织筛、鱼眼筛、鱼鳞筛和冲孔筛网。
编织筛的筛孔形状多为方孔，筛孔尺寸一般在10~30mm范围内。编织筛的结构简单，重量轻，有效分离面积大，对气流阻力小和生产率较高；但其孔形不准确，且不可调节，分选性能差，主要用于粗选。
鱼鳞筛的筛片开度可以调节，清选不同作物时不需要更换筛子，通用性较好。
鱼鳞筛引导气流吹出轻杂物和排除大杂的性能好，筛面不易堵塞，生产率高；但结构复杂，一般用来作为粗选的上筛。
鱼眼筛的筛孔位于筛面凸起的垂直面上，可以阻止断、碎茎秆通过筛面，而使正对鱼眼孔方向运动的谷粒通过。鱼眼筛向后推送残穗、碎秸的能力较好，且结构简单，质量轻，但其只能单向筛选，生产率较低。
冲孔筛网主要利用谷物和混杂物在某一方面尺寸存在差异进行清洗。其筛孔多为圆孔或长方孔，尺寸相同，分离谷粒较精确，分选性能较好。冲孔筛网的筛片坚固耐用不易变形，但易被残、碎杂物堵塞，筛面的有效分离面积较少，对气流有较大阻力，一般用作精选。
考虑到玉米果穗中不含有玉米茎秆、苞叶等杂物，作业时的冲孔筛网不需要采用有较强分离能力的鱼鳞筛、鱼眼筛、编织筛。
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